Hipótesis sobre el EMDR

Una de las hipótesis sobre el funcionamiento del EMDR es que los movimientos oculares provocan una respuesta condicionada de relajación. Esta respuesta sería provocada por la formación reticular, que activaría el sistema nervioso parasimpático. La activación inhibiría el sistema nervioso simpático, que es el responsable de la respuesta de "lucha o huida" (según la literatura de la propia Shapiro "fight or flight") que se crea cuando el paciente se centra en el recuerdo del trauma, llevando así a la desensibilización de la respuesta de perturbación.